在生物、医药领域里，高性能计算应用主要涉及到蛋白质研究、基因比对、药物筛选、器官模拟等。在这些领域的计算模拟中，除了采用物理、化学研究中的计算方法外，还会涉及很多数据处理类型的计算，这类计算的特点是任务量特别大，但对计算的并行度要求不高。

实际案例：

（案例一）

福建师范大学南方海洋研究院利用基因组测序方法来开展金鱼的基因组选择育种，解析与金鱼的头瘤，尾型，背鳍，背峰，眼睛，体色相关的基因。通过对中国金鱼的50多种品种的基因组测序工作，利用福建省超算中心（二期）的高通量集群进行基因组的组装拼接和金鱼基因解析。该成果为福州金鱼育种产业的技术革新和新品种创制提供产业技术保障。